在自然保護區(qū)管理方面，我國也做出了積極的探索，取得了顯著成效。

一是建立了適合我國國情的自然保護區(qū)管理體制。我國自然保護區(qū)管理實行環(huán)保部門綜合管理、林業(yè)、農(nóng)業(yè)、國土、海洋等有關(guān)部門分工負(fù)責(zé)，行業(yè)指導(dǎo)和屬地管理相結(jié)合的體制。環(huán)保部門負(fù)責(zé)制定自然保護區(qū)發(fā)展規(guī)劃、政策、法規(guī)和標(biāo)準(zhǔn)，對各級各類自然保護區(qū)進行監(jiān)督；林業(yè)部門負(fù)責(zé)林業(yè)系統(tǒng)自然保護區(qū)的監(jiān)督管理，具體指導(dǎo)森林、濕地、荒漠和陸生野生動物類型自然保護區(qū)的建設(shè)和管理；國土資源部門監(jiān)督管理古生物化石、地質(zhì)遺產(chǎn)自然保護區(qū)；農(nóng)業(yè)部門監(jiān)督管理草原、水生生物類型自然保護區(qū)；海洋部門監(jiān)督管理海洋和海岸類型自然保護區(qū)。

二是形成了比較完善的自然保護區(qū)分級管理機制。自然保護區(qū)分為地方級（縣、市、省級）和國家級，實行自下而上的方式建立，各級自然保護區(qū)由同級人民政府批準(zhǔn)設(shè)立。為提高國家級自然保護區(qū)設(shè)立和調(diào)整的科學(xué)性，環(huán)境保護部根據(jù)國務(wù)院授權(quán)組建跨部門、跨學(xué)科的國家級自然保護區(qū)評審委員會，制定了委員會組織和工作制度、評審標(biāo)準(zhǔn)等，對申請新建國家級的自然保護區(qū)進行審查，提出審批建議，報請國務(wù)院審批。認(rèn)真落實國務(wù)院印發(fā)的《國家級自然保護區(qū)調(diào)整管理規(guī)定》，嚴(yán)格國家級自然保護區(qū)調(diào)整，否決了一批自然保護區(qū)調(diào)整申請。目前，各省、自治區(qū)、直轄市均已參照國家級自然保護區(qū)評審委員會的組成模式，建立了省級自然保護區(qū)評審委員會，規(guī)范各級自然保護區(qū)建設(shè)和管理工作。

三是初步建立起自然保護區(qū)法規(guī)政策體系。1994年，國務(wù)院頒布實施《中華人民共和國自然保護區(qū)條例》，確立了我國自然保護區(qū)的法律地位。國務(wù)院辦公廳分別于1998年和2010年做出關(guān)于加強自然保護區(qū)工作的通知，印發(fā)了《國家級自然保護區(qū)調(diào)整管理規(guī)定》等，推動自然保護區(qū)發(fā)展。環(huán)保部門制定了《國家級自然保護區(qū)監(jiān)督檢查辦法》、《自然保護區(qū)類型與級別劃分原則》、《自然保護區(qū)生態(tài)環(huán)境監(jiān)察指南》等部門規(guī)章和標(biāo)準(zhǔn)，強化綜合監(jiān)管。林業(yè)部門制定了《森林和野生動物類型自然保護區(qū)管理辦法》，農(nóng)業(yè)部門制定了《水生動植物自然保護區(qū)管理辦法》，海洋部門制定了《海洋自然保護區(qū)管理辦法》，國土部門制定了《自然保護區(qū)土地管理辦法》和《關(guān)于建立地質(zhì)自然保護區(qū)的規(guī)定》等相關(guān)規(guī)章制度。黑龍江、內(nèi)蒙古、浙江等24個省（區(qū)）制定了自然保護區(qū)管理法規(guī)，200多個自然保護區(qū)制定了管理條例或管理辦法。1997年經(jīng)國務(wù)院同意，原國家環(huán)保局和國家計委聯(lián)合印發(fā)《中國自然保護區(qū)發(fā)展規(guī)劃綱要（1996~2010年）》，2010年國務(wù)院審議通過《中國生物多樣性保護戰(zhàn)略與行動計劃（2011~2030年）》，為我國自然保護區(qū)發(fā)展起到了重要推動作用。

四是強化自然保護區(qū)監(jiān)督管理。為加強自然保護區(qū)監(jiān)督管理，環(huán)保部門制定了《國家級自然保護區(qū)監(jiān)督檢查辦法》，自2008年以來，利用衛(wèi)星遙感技術(shù)，建立了“天地一體化”的自然保護區(qū)監(jiān)控體系，對所有國家級自然保護區(qū)開展了人類活動遙感監(jiān)測和實地核查，基本摸清了國家級自然保護區(qū)人類活動的分布狀況，查處了一批違法違規(guī)案件。2015年，環(huán)境保護部聯(lián)合發(fā)改、財政、國土、住建、水利、農(nóng)業(yè)、林業(yè)、中科院和海洋9個部門印發(fā)了《關(guān)于進一步加強涉及自然保護區(qū)開發(fā)建設(shè)活動監(jiān)督管理的通知》，并聯(lián)合開展了全國自然保護區(qū)開發(fā)建設(shè)活動專項檢查。林業(yè)局印發(fā)了《關(guān)于征用、占用自然保護區(qū)林地采伐林木有關(guān)問題的通知》，農(nóng)業(yè)部制定了《建設(shè)項目對國家級水生生物自然保護區(qū)影響專題評價規(guī)范》，海洋局印發(fā)了《關(guān)于進一步加強自然保護區(qū)海域使用管理工作的意見》和《關(guān)于進一步規(guī)范海洋自然保護區(qū)內(nèi)開發(fā)活動管理的若干意見》，國土資源部印發(fā)了《關(guān)于認(rèn)真做好國家級自然保護區(qū)劃界立標(biāo)和土地確權(quán)等工作的通知》等。環(huán)境保護部聯(lián)合國土資源部、水利部、農(nóng)業(yè)部、林業(yè)局、中科院和海洋局，建立了國家級自然保護區(qū)管理評估機制，對400多處國家級自然保護區(qū)開展了管理評估，促進了管理水平的提高。

五是加強自然保護區(qū)管理基礎(chǔ)工作。2010年，在財政部的支持下，環(huán)境保護部實施了第一次全國自然保護區(qū)調(diào)查與評價項目，目前已完成31個省份2000多個自然保護區(qū)的調(diào)查工作，建立了基礎(chǔ)調(diào)查數(shù)據(jù)庫和地理信息系統(tǒng)，基本掌握了全國各級自然保護區(qū)建設(shè)管理現(xiàn)狀；組織開展了中國生物物種資源調(diào)查和編目，與中科院聯(lián)合發(fā)布了《中國生物多樣性紅色名錄—高等植物卷》和《中國生物多樣性紅色名錄—脊椎動物卷》。林業(yè)局組織開展了第二次全國野生動植物資源調(diào)查和第四次大熊貓調(diào)查，農(nóng)業(yè)部開展了長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區(qū)資源與環(huán)境綜合調(diào)查等工作。這些工作為制定自然保護區(qū)發(fā)展規(guī)劃和制定政策措施提供了依據(jù)。